V lednu 1962 vzniklo Okresní vlastivědné středisko v Šumperku, které převzalo veškeré úkoly muzea, ovšem jeho pracovníci kromě vlastní muzejní práce poskytovali i metodickou pomoc kronikářům, vedli evidenci o stavu kronik a zajišťovali také agendu ochrany přírody. Nově zřízená Skupina pro údržbu památek byla prohlášena za experimentální pracoviště státní památkové péče. V roce 1963 byla organizace přejmenována na Vlastivědný ústav v Šumperku a pod vedením ředitele Jiřího Filipa byly prováděny stavební úpravy Pavlínina dvora. 28.5.1966 byla v severozápadním křídle otevřena výstavní a koncertní síň. Šumperk tím získal prostorný sál pro pořádání muzejních a galerijních výstav, koncertů vážné hudby a přednášek. V roce 1978 došlo k formálnímu přejmenování Vlastivědného ústavu v Šumperku na Okresní vlastivědné muzeum v Šumperku.
Po roce 1989 došlo v muzejní práci k zásadním změnám. Rekonstruováním výstavního kabinetu získalo muzeum nový výstavní prostor především pro grafiku. V roce 1996 byla u příležitosti 100. výročí založení muzea otevřena nová stálá expozice Příroda a dějiny severozápadní Moravy. K významným publikačním počinům patřil podíl muzea na vydání Vlastivědy šumperského okresu (1993).
V rámci osamostatnění okresu Jeseník k 1.1.1996 se od OVM oddělilo muzeum Jeseník i zámek Jánský Vrch v Javorníku. V roce 2002 byl zámek ve Velkých Losinách delimitován do správy Národního památkového ústavu v Praze.
V souvislosti se zánikem okresních úřadů přešlo k 1.1.2003 Okresní vlastivědné muzeum v Šumperku do majetku Olomouckého kraje a dosavadní název se změnil na Vlastivědné muzeum v Šumperku, příspěvková organizace. Pod správu Vlastivědného muzea v Šumperku patří kromě muzea v Šumperku i muzeum v Mohelnici a v Zábřehu, Památník Adolfa Kašpara v Lošticích a Lovecko – lesnické muzeum na zámku v Úsově. Od roku 2007 bude provoz rozšířen o novou stálou galerii regionálních umělců, umístěnou v severní části východního křídla Pavlínina dvora v Šumperku.